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doi:10.22028/D291-28711
Titel: | Strand-seq enables reliable separation of long reads by chromosome via expectation maximization |
VerfasserIn: | Ghareghani, Maryam Porubskỳ, David Sanders, Ashley D. Meiers, Sascha Eichler, Evan E. Korbel, Jan O. Marschall, Tobias |
Sprache: | Englisch |
Titel: | Bioinformatics |
Bandnummer: | 34 |
Heft: | 13 |
Startseite: | 115 |
Endseite: | 123 |
Verlag/Plattform: | Oxford University Press |
Erscheinungsjahr: | 2018 |
Dokumenttyp: | Journalartikel / Zeitschriftenartikel |
Abstract: | Current sequencing technologies are able to produce reads orders of magnitude longer than ever possible before. Such long reads have sparked a new interest in de novo genome assembly, which removes reference biases inherent to re-sequencing approaches and allows for a direct characterization of complex genomic variants. However, even with latest algorithmic advances, assembling a mammalian genome from long error-prone reads incurs a significant computational burden and does not preclude occasional misassemblies. Both problems could potentially be mitigated if assembly could commence for each chromosome separately. |
DOI der Erstveröffentlichung: | 10.1093/bioinformatics/bty290 |
Link zu diesem Datensatz: | hdl:20.500.11880/27711 http://dx.doi.org/10.22028/D291-28711 |
ISSN: | 1367-4803 1460-2059 |
Datum des Eintrags: | 7-Sep-2019 |
Fakultät: | MI - Fakultät für Mathematik und Informatik |
Fachrichtung: | MI - Informatik |
Professur: | MI - Prof. Dr. Tobias Marschall |
Sammlung: | SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes |
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