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doi:10.22028/D291-31066
Titel: | A Stochastic Automata Network Description for Spatial DNA-Methylation Models |
VerfasserIn: | Lück, Alexander Wolf, Verena |
HerausgeberIn: | Hermanns, Holger |
Sprache: | Englisch |
Titel: | Measurement, Modelling and Evaluation of Computing Systems : 20th International GI/ITG Conference |
Startseite: | 54 |
Endseite: | 64 |
Verlag/Plattform: | Springer |
Erscheinungsjahr: | 2020 |
Erscheinungsort: | Cham |
Titel der Konferenz: | MMB 2020 |
Konferenzort: | Saarbrücken, Germany |
Dokumenttyp: | Konferenzbeitrag (in einem Konferenzband / InProceedings erschienener Beitrag) |
Abstract: | DNA methylation is an important biological mechanism to regulate gene expression and control cell development. Mechanistic modeling has become a popular approach to enhance our understanding of the dynamics of methylation pattern formation in living cells. Recent findings suggest that the methylation state of a cytosine base can be influenced by its DNA neighborhood. Therefore, it is necessary to generalize existing mathematical models that consider only one cytosine and its partner on the opposite DNA-strand (CpG), in order to include such neighborhood dependencies. One approach is to describe the system as a stochastic automata network (SAN) with functional transitions. We show that single-CpG models can successfully be generalized to multiple CpGs using the SAN description and verify the results by comparing them to results from extensive Monte-Carlo simulations. |
DOI der Erstveröffentlichung: | 10.1007/978-3-030-43024-5_4 |
URL der Erstveröffentlichung: | https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-43024-5_4 |
Link zu diesem Datensatz: | hdl:20.500.11880/29207 http://dx.doi.org/10.22028/D291-31066 |
ISBN: | 978-3-030-43024-5 978-3-030-43023-8 |
Datum des Eintrags: | 29-Mai-2020 |
Bemerkung/Hinweis: | Programming and Software Engineering ; volume 12040 |
Fakultät: | MI - Fakultät für Mathematik und Informatik |
Fachrichtung: | MI - Informatik |
Professur: | MI - Prof. Dr. Verena Wolf |
Sammlung: | SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes |
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