Bitte benutzen Sie diese Referenz, um auf diese Ressource zu verweisen: doi:10.22028/D291-25957
Titel: Gradient based optimization in ligand-receptor docking
Verfasser: Fuhrmann, Jan
Sprache: Englisch
Erscheinungsjahr: 2009
SWD-Schlagwörter: Heuristik
Optimierung
Ligand <Biochemie>
Gradientenverfahren
Algorithmus
Freie Schlagwörter: Optmierungsheuristik
Scoring-Funktion
Ligand-Rezeptor Docking
Lamarck
BALLDock
search heuristics
scoring functions
ligand-receptor docking
DDC-Sachgruppe: 004 Informatik
Dokumentart : Dissertation
Kurzfassung: In this work, we compared six global search heuristics and two scoring functions in the field of ligand-receptor docking. A new way for the gradient based minimization of a ligand whose position in space is defined by translation, orientation and a set of torsional flexible angles was implemented and thoroughly tested. The default local search method of a Lamarckian genetic algorithm was replaced by our novel gradient based approach and the new hybrid was compared to non-gradient global search heuristics. Finally, we present our docking program BALLDock, in which we incorporated our findings.
In der vorliegenden Arbeit wurden sechs populationsbasierte Optmierungsheuristiken und zwei Scoring-Funktionen im Hinblick auf ihre Leistungsfähigkeit im Bereich Ligand-Rezeptor Docking miteinander verglichen. Parallel dazu wurde eine neuer Ansatz entwickelt, der die lokale, gradientenbasierte Optimierung partiell flexibler Moleküle, deren Position und Konformation durch Translation, Orientierung und eine Anzahl flexibler Bindungswinkel definiert ist, erlaubt. Danach wurde die gradientenfreie Methode zur lokalen Optimierung eines Lamarck genetischen Algorithmus durch das neuartige gradientbasierte Verfahren ersetzt und dessen Einfluss auf die Ergebnisse der globalen Suchheuristik analysiert. Abschließend wird das Dockingprogramm BALLDock vorgestellt, in das die neu gewonnenen Erkenntnisse einflossen.
Link zu diesem Datensatz: urn:nbn:de:bsz:291-scidok-25647
hdl:20.500.11880/26013
http://dx.doi.org/10.22028/D291-25957
Erstgutachter: Herfet, Thorsten
Tag der mündlichen Prüfung: 28-Okt-2009
SciDok-Publikation: 18-Nov-2009
Fakultät: Fakultät 6 - Naturwissenschaftlich-Technische Fakultät I
Fachrichtung: MI - Informatik
Fakultät / Institution:MI - Fakultät für Mathematik und Informatik

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