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doi:10.22028/D291-43710
Titel: | Protocol to isolate nuclei from Chlamydomonas reinhardtii for ATAC sequencing |
VerfasserIn: | Santhanagopalan, Indu Netzl, Antonia Mathur, Tanya Smith, Alison Griffiths, Howard Holzer, Andre |
Sprache: | Englisch |
Titel: | STAR Protocols |
Bandnummer: | 5 |
Heft: | 1 |
Verlag/Plattform: | Elsevier |
Erscheinungsjahr: | 2024 |
DDC-Sachgruppe: | 004 Informatik |
Dokumenttyp: | Journalartikel / Zeitschriftenartikel |
Abstract: | The isolation of sufficient amounts of intact nuclei is essential to obtain high-resolution maps of chromatin accessibility via assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq). Here, we present a protocol for tag-free isolation of nuclei from both cell walled and cell wall-deficient strains of the green model alga Chlamydomonas reinhardtii at a suitable quality for ATAC-seq. We describe steps for nuclei isolation, quantification, and downstream ATAC-seq. This protocol is optimized to shorten the time of isolation and quantification of nuclei. |
DOI der Erstveröffentlichung: | 10.1016/j.xpro.2023.102764 |
URL der Erstveröffentlichung: | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666166723007311 |
Link zu diesem Datensatz: | urn:nbn:de:bsz:291--ds-437106 hdl:20.500.11880/39158 http://dx.doi.org/10.22028/D291-43710 |
ISSN: | 2666-1667 |
Datum des Eintrags: | 11-Dez-2024 |
Fakultät: | MI - Fakultät für Mathematik und Informatik |
Fachrichtung: | MI - Informatik |
Professur: | MI - Keiner Professur zugeordnet |
Sammlung: | SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes |
Dateien zu diesem Datensatz:
Datei | Beschreibung | Größe | Format | |
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