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doi:10.22028/D291-43426
Titel: | WebQUAST: online evaluation of genome assemblies |
VerfasserIn: | Mikheenko, Alla Saveliev, Vladislav Hirsch, Pascal Gurevich, Alexey |
Sprache: | Englisch |
Titel: | Nucleic acids research |
Bandnummer: | 51 |
Heft: | W1 |
Seiten: | W601-W606 |
Verlag/Plattform: | Oxford Univ. Press |
Erscheinungsjahr: | 2023 |
DDC-Sachgruppe: | 610 Medizin, Gesundheit |
Dokumenttyp: | Journalartikel / Zeitschriftenartikel |
Abstract: | Selecting proper genome assembly is key for downstream analysis in genomics studies. However, the availability of many genome assembly tools and the huge variety of their running parameters challenge this task. The existing online evaluation tools are limited to specific taxa or provide just a one-sided view on the assembly quality. We present WebQUAST, a web server for multifaceted quality assessment and comparison of genome assemblies based on the state-of-the-art QUAST tool. The server is freely available at https://www.ccb.uni-saarland.de/quast/. WebQUAST can handle an unlimited number of genome assemblies and evaluate them against a user-provided or pre-loaded reference genome or in a completely reference-free fashion. We demonstrate key WebQUAST features in three common evaluation scenarios: assembly of an unknown species, a model organism, and a close variant of it. |
DOI der Erstveröffentlichung: | 10.1093/nar/gkad406 |
URL der Erstveröffentlichung: | https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10320133/ |
Link zu diesem Datensatz: | urn:nbn:de:bsz:291--ds-434269 hdl:20.500.11880/38934 http://dx.doi.org/10.22028/D291-43426 |
ISSN: | 1362-4962 0305-1048 |
Datum des Eintrags: | 12-Nov-2024 |
In Beziehung stehendes Objekt: | https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ |
Fakultät: | M - Medizinische Fakultät |
Fachrichtung: | M - Medizinische Biometrie, Epidemiologie und medizinische Informatik |
Professur: | M - Univ.-Prof. Dr. Andreas Keller |
Sammlung: | SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes |
Dateien zu diesem Datensatz:
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