Bitte benutzen Sie diese Referenz, um auf diese Ressource zu verweisen: doi:10.22028/D291-43426
Titel: WebQUAST: online evaluation of genome assemblies
VerfasserIn: Mikheenko, Alla
Saveliev, Vladislav
Hirsch, Pascal
Gurevich, Alexey
Sprache: Englisch
Titel: Nucleic acids research
Bandnummer: 51
Heft: W1
Seiten: W601-W606
Verlag/Plattform: Oxford Univ. Press
Erscheinungsjahr: 2023
DDC-Sachgruppe: 610 Medizin, Gesundheit
Dokumenttyp: Journalartikel / Zeitschriftenartikel
Abstract: Selecting proper genome assembly is key for downstream analysis in genomics studies. However, the availability of many genome assembly tools and the huge variety of their running parameters challenge this task. The existing online evaluation tools are limited to specific taxa or provide just a one-sided view on the assembly quality. We present WebQUAST, a web server for multifaceted quality assessment and comparison of genome assemblies based on the state-of-the-art QUAST tool. The server is freely available at https://www.ccb.uni-saarland.de/quast/. WebQUAST can handle an unlimited number of genome assemblies and evaluate them against a user-provided or pre-loaded reference genome or in a completely reference-free fashion. We demonstrate key WebQUAST features in three common evaluation scenarios: assembly of an unknown species, a model organism, and a close variant of it.
DOI der Erstveröffentlichung: 10.1093/nar/gkad406
URL der Erstveröffentlichung: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10320133/
Link zu diesem Datensatz: urn:nbn:de:bsz:291--ds-434269
hdl:20.500.11880/38934
http://dx.doi.org/10.22028/D291-43426
ISSN: 1362-4962
0305-1048
Datum des Eintrags: 12-Nov-2024
In Beziehung stehendes Objekt: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Fakultät: M - Medizinische Fakultät
Fachrichtung: M - Medizinische Biometrie, Epidemiologie und medizinische Informatik
Professur: M - Univ.-Prof. Dr. Andreas Keller
Sammlung:SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes

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