Bitte benutzen Sie diese Referenz, um auf diese Ressource zu verweisen: doi:10.22028/D291-38142
Titel: DNA oligomer binding in competition exhibits cooperativity
VerfasserIn: Mohammadi-Kambs, Mina
Ott, Albrecht
Sprache: Englisch
Titel: New Journal of Physics
Bandnummer: 21
Heft: 11
Verlag/Plattform: IOP Publishing
Erscheinungsjahr: 2019
Freie Schlagwörter: DNA
binding
cooperative
thermodynamic equilibrium
competition
DDC-Sachgruppe: 500 Naturwissenschaften
Dokumenttyp: Journalartikel / Zeitschriftenartikel
Abstract: Binding of two complementary DNA single strands to a double-helix, DNA hybridization, is a sequence specific molecular recognition process that plays important roles in biology and biotechnological applications. In the past much work has been devoted to understand double helix formation, however, DNA binding in complex situations often remains difficult to deal with. Here we use fluorescence anisotropy to assess the binding affinities of DNA oligonucleotide strands that compete for hybridization to the same probe molecule in thermal equilibrium. We find that the ratio of the binding constants in competition can change substantially compared to pairwise assessments. This is a signature of non-trivial interaction among the competitors: the binding microstates of each strand are affected by the presence of the other, but to a different degree. To our knowledge this type of phenomenon is not included in current equilibrium models of oligonucleotide binding. We suggest interactions beyond double helix conformations to cause the observed cooperative behavior. The cooperativity could produce more complex binding phenomena than previously thought.
DOI der Erstveröffentlichung: 10.1088/1367-2630/ab4ff8
URL der Erstveröffentlichung: https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1367-2630/ab4ff8
Link zu diesem Datensatz: urn:nbn:de:bsz:291--ds-381423
hdl:20.500.11880/34447
http://dx.doi.org/10.22028/D291-38142
ISSN: 1367-2630
Datum des Eintrags: 22-Nov-2022
Bezeichnung des in Beziehung stehenden Objekts: Supplementary material
In Beziehung stehendes Objekt: https://cfn-live-content-bucket-iop-org.s3.amazonaws.com/journals/1367-2630/21/11/113027/revision2/NJP_21_11_113027_suppdata.pdf?AWSAccessKeyId=AKIAYDKQL6LTV7YY2HIK&Expires=1669727114&Signature=dSgxvdtOCkkUz3WHGvWCOT86pFA%3D
Fakultät: NT - Naturwissenschaftlich- Technische Fakultät
Fachrichtung: NT - Physik
Professur: NT - Prof. Dr. Albrecht Ott
Sammlung:SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes

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