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doi:10.22028/D291-31085
Titel: | A Hybrid HMM Approach for the Dynamics of DNA Methylation |
VerfasserIn: | Kyriakopoulos, Charalampos Giehr, Peter Pascal Lück, Alexander Walter, Jörn Erik Wolf, Verena |
HerausgeberIn: | Češka, Milan Paoletti, Nicola |
Sprache: | Englisch |
Titel: | Hybrid systems biology : 6th international workshop |
Startseite: | 117 |
Endseite: | 131 |
Verlag/Plattform: | Springer |
Erscheinungsjahr: | 2019 |
Erscheinungsort: | Cham |
Titel der Konferenz: | HSB 2019 |
Konferenzort: | Prague, Czech Republic |
Dokumenttyp: | Konferenzbeitrag (in einem Konferenzband / InProceedings erschienener Beitrag) |
Abstract: | The understanding of mechanisms that control epigenetic changes is an important research area in modern functional biology. Epigenetic modifications such as DNA methylation are in general very stable over many cell divisions. DNA methylation can however be subject to specific and fast changes over a short time scale even in non-dividing (i.e. not-replicating) cells. Such dynamic DNA methylation changes are caused by a combination of active demethylation and de novo methylation processes which have not been investigated in integrated models. Here we present a hybrid (hidden) Markov model to describe the cycle of methylation and demethylation over (short) time scales. Our hybrid model decribes several molecular events either happening at deterministic points (i.e. describing mechanisms that occur only during cell division) and other events occurring at random time points. We test our model on mouse embryonic stem cells using time-resolved data. We predict methylation changes and estimate the efficiencies of the different modification steps related to DNA methylation and demethylation. |
DOI der Erstveröffentlichung: | 10.1007/978-3-030-28042-0_8 |
URL der Erstveröffentlichung: | https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-28042-0_8 |
Link zu diesem Datensatz: | hdl:20.500.11880/29211 http://dx.doi.org/10.22028/D291-31085 |
ISBN: | 978-3-030-28041-3 978-3-030-28042-0 |
Datum des Eintrags: | 3-Jun-2020 |
Bemerkung/Hinweis: | Lecture notes in computer science ; volume 11705 |
Fakultät: | MI - Fakultät für Mathematik und Informatik |
Fachrichtung: | MI - Informatik |
Professur: | MI - Prof. Dr. Verena Wolf |
Sammlung: | SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes |
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