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doi:10.22028/D291-29428
Titel: | A Stochastic Model for the Formation of Spatial Methylation Patterns |
VerfasserIn: | Lück, Alexander Giehr, Peter Pascal Walter, Jörn Erik Wolf, Verena |
HerausgeberIn: | Feret, Jérôme Koeppl, Heinz |
Sprache: | Englisch |
Titel: | Computational Methods in Systems Biology : 15th International Conference |
Startseite: | 160 |
Endseite: | 178 |
Verlag/Plattform: | Springer |
Erscheinungsjahr: | 2017 |
Erscheinungsort: | Cham |
Titel der Konferenz: | CMSB 2017 |
Konferenzort: | Darmstadt, Germany |
Dokumenttyp: | Konferenzbeitrag (in einem Konferenzband / InProceedings erschienener Beitrag) |
Abstract: | DNA methylation is an epigenetic mechanism whose important role in development has been widely recognized. This epigenetic modification results in heritable changes in gene expression not encoded by the DNA sequence. The underlying mechanisms controlling DNA methylation are only partly understood and recently different mechanistic models of enzyme activities responsible for DNA methylation have been proposed. Here we extend existing Hidden Markov Models (HMMs) for DNA methylation by describing the occurrence of spatial methylation patterns over time and propose several models with different neighborhood dependencies. We perform numerical analysis of the HMMs applied to bisulfite sequencing measurements and accurately predict wild-type data. In addition, we find evidence that the enzymes’ activities depend on the left 5’ neighborhood but not on the right 3’ neighborhood. |
DOI der Erstveröffentlichung: | 10.1007/978-3-319-67471-1_10 |
URL der Erstveröffentlichung: | https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-67471-1_10 |
Link zu diesem Datensatz: | hdl:20.500.11880/27886 http://dx.doi.org/10.22028/D291-29428 |
ISBN: | 978-3-319-67471-1 978-3-319-67470-4 |
Datum des Eintrags: | 25-Sep-2019 |
Bemerkung/Hinweis: | Lecture notes in computer science ; volume 10545 |
Fakultät: | NT - Naturwissenschaftlich- Technische Fakultät |
Fachrichtung: | NT - Biowissenschaften |
Professur: | NT - Prof. Dr. Jörn Walter |
Sammlung: | SciDok - Der Wissenschaftsserver der Universität des Saarlandes |
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