Bitte benutzen Sie diese Referenz, um auf diese Ressource zu verweisen: doi:10.22028/D291-23008
Titel: In vitro evaluation of bacterial RNA polymerase sigma:core inhibitors
Sonstige Titel: In vitro Evaluierung von Sigma:Core Hemmstoffen der bakteriellen RNA Polymerase
Verfasser: Hüsecken, Kristina
Sprache: Englisch
Erscheinungsjahr: 2014
SWD-Schlagwörter: Antibiotikum
In vitro
Inhibitor
Oberflächenplasmonresonanz
Freie Schlagwörter: Entwicklung Inhibitor-Testsystem
antibiotic
in vitro
inhibitor
surface plasmon resonance
assay development
DDC-Sachgruppe: 500 Naturwissenschaften
Dokumentart : Dissertation
Kurzfassung: In order to identify and characterize novel inhibitors of bacterial RNA polymerase, an in vitro test system was developed. Therefore, Escherichia coli was used as model organism. The inhibitors should prohibit the protein-protein interaction of the βʹ subunit of the core enzyme of RNA polymerase and the dissociable σ70 factor, and inhibit thereby transcription. This inhibition mechanism shall prevent cross-resistances with clinically used Rifamycins and fidaxomicin. The test system consists of various binding and functional assays, of which most are based on the biophysical surface plasmon resonance technology. The variable assays allow on the one hand the determination of affinity and activity of the inhibitors, and on the other hand the determination of the mode of action. The binding mode was investigated by competition experiments with the σ70 factor and comparative binding studies to wild-type and point-mutated, truncated βʹ proteins. Within the scope of this work, three inhibitor classes of small molecules and one peptide were identified that effectively inhibited the σ70 – core RNA polymerase interaction. By the generation of structure-activity relationships as well as elucidation of the binding mode, the developed test system contributed to the optimization of the compounds.
Zur Identifizierung und Charakterisierung neuer Hemmstoffe der bakteriellen RNA Polymerase als potentielle antibiotisch wirksame Arzneistoffe wurde ein in vitro Testsystem aufgebaut. Dabei wurde Escherichia coli als Modellorganismus verwendet. Die Hemmstoffe sollen die Protein-Protein Interaktion zwischen der βʹ Untereinheit des Core-Enzyms der RNA Polymerase und dem dissoziierbaren σ70 Faktor unterbinden und so die Transkription verhindern. Dadurch sollen Kreuzresistenzen mit den in der Klinik eingesetzten Rifamycinen und Fidaxomicin vermieden werden. Das Testsystem besteht aus zahlreichen Bindungs- und funktionalen Assays, die größtenteils auf der biophysikalischen Oberflächenplasmonresonanz-Technologie basieren. Die unterschiedlichen Tests erlauben zum einen die Bestimmung von Affinität und Aktivität, zum anderen die Bestimmung des Bindungsmodus. Der Bindungsmodus wird mit Hilfe von Kompetitionsversuchen mit dem σ70 Faktor und vergleichenden Bindungsstudien an Wildtyp und punktmutierten, verkürzten βʹ Proteinen untersucht. Im Rahmen dieser Arbeit konnten drei Wirkstoffklassen kleiner Moleküle und ein Peptid identifiziert werden, welche die σ70 – Core RNA Polymerase Interaktion effektiv hemmen. Durch die Generierung von Struktur-Wirkungsbeziehungen konnte das entwickelte Testsystem zur Optimierung der Verbindungen und zur Aufklärung von deren Bindungsmodi beitragen.
Link zu diesem Datensatz: urn:nbn:de:bsz:291-scidok-59399
hdl:20.500.11880/23064
http://dx.doi.org/10.22028/D291-23008
Erstgutachter: Hartmann, Rolf W.
Tag der mündlichen Prüfung: 14-Nov-2014
SciDok-Publikation: 4-Dez-2014
Fakultät: Fakultät 8 - Naturwissenschaftlich-Technische Fakultät III
Fachrichtung: NT - Pharmazie
Fakultät / Institution:NT - Naturwissenschaftlich- Technische Fakultät

Dateien zu dieser Ressource:
Datei Beschreibung GrößeFormat 
Dissertation_Kristina_HAsecken_In_vitro_evaluation_of_bacterial_RNA_polymerase_sigma_core_inhibitors.pdf5,25 MBAdobe PDFÖffnen/Anzeigen


Alle Ressourcen in diesem Repository sind urheberrechtlich geschützt.